有機(jī)食用菌栽培所用原料包括主料和輔料，有木屑、棉籽皮、作物秸桿、動(dòng)物糞便、玉米芯、棉籽餅、豆餅、麩皮、米糠和礦物質(zhì)等。這些物料經(jīng)過(guò)玉米芯粉碎機(jī)粉碎之后就可以用作食用菌的原料了。物性有機(jī)原料如農(nóng)作物秸桿、玉米芯、棉籽皮、果樹(shù)枝、麩皮、玉米粉等須來(lái)源于經(jīng)過(guò)認(rèn)證的有機(jī)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)企業(yè)順耕種過(guò)程中嚴(yán)格遵守不使用轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品、化肥、農(nóng)藥等禁用物質(zhì)。保證在整個(gè)運(yùn)輸貯存過(guò)程中不接觸化學(xué)物質(zhì)。動(dòng)物性有機(jī)原料如牛糞、馬糞等應(yīng)來(lái)源于以有機(jī)方式飼養(yǎng)的動(dòng)物。飼養(yǎng)中做到：用天然飼料或有機(jī)飼料；不選用轉(zhuǎn)基因動(dòng)物品種；以散養(yǎng)或福利的方式養(yǎng)殖動(dòng)物。
木屑，美國(guó)、日本和歐盟都規(guī)定，有機(jī)食用菌生產(chǎn)所用的段木和木屑必須取自無(wú)污染的原始森林，而且保證在運(yùn)輸過(guò)程中不被有害物質(zhì)污染。有人認(rèn)為，在我們遠(yuǎn)離城市的廣大林區(qū)，其段木和木屑應(yīng)該視為有機(jī)原料用于有機(jī)食用菌生產(chǎn)。對(duì)于樹(shù)木的利用，應(yīng)以不影其生長(zhǎng)和環(huán)境的可持續(xù)發(fā)展為原則。而村莊、城市、路邊或田邊生長(zhǎng)的樹(shù)木，不能做為有機(jī)原料用于生產(chǎn)。野草，實(shí)踐證明，對(duì)于草腐菌和某些木腐菌，用野草為原料進(jìn)行栽培可以獲得較高產(chǎn)量。對(duì)于遠(yuǎn)離村莊和農(nóng)田的高山或草原，其野草可以作為有機(jī)食用菌生產(chǎn)的原料。為提高某些食用菌品種的產(chǎn)量（主要是草腐菌），在原料中需加入少量有機(jī)肥，對(duì)于有機(jī)食用菌生產(chǎn)所加肥料應(yīng)是有機(jī)認(rèn)證機(jī)構(gòu)認(rèn)證的有機(jī)肥。